FSNotes 是一款新型笔记应用，基础使用语言为 GFM Markdown。在macOS端记录笔记时，应用配置了足量的快捷方式，使用户在使用时可以完全脱离鼠标或触控板。例如，将 Markdown 编辑格式转换为预览时可以使用cmd - `。

在书写时，除了普通的文字编辑和简单样式外，FSNotes 还支持使用 MermAIdJS 或 MathJax 来编译流程图或数学公式，其中行内公式使用双圆括号标记 ((eqn))，行间公式使用双钱号 $$eqn$$ 标记。

用户还可以使用内链与外链来扩充笔记的展度。内链使用双方括号标记 [[links]]，外链则直接输入网址（请注意在前后添加空格便于识别跳转）。内链可以用来创建目录页或构件整个笔记网络，在笔记页面间跳转，而外链将在用户设备的默认浏览器中打开。

笔记文件整理方式为文件夹和标签，两者均无嵌套上限，标签的嵌套格式为 #unlimited/sub/tags，在文件内部使用记录标签时，将会自动弹出现有的所有包含标签。在设置中，用户可以选择文件夹的整理和排序方式，并区分待办事项与笔记文件。

笔记记录完毕后，除了常见的压平导出纯文本、富文本或 Markdown 格式文件外，FSNotes 还提供了导出为 Text Bundle 或 Encrypted Text Bundle 的选择。以前一种格式导出的文件，相较于 Markdown 文件，图片不再需要额外储存路径而是直接打包；后者则可以直接用 Python、Ruby 或 JS 语言解压。

在八月底更新的第四版中，iCloud Drive 的同步功能做得更流畅了，用户不再需要重启应用以查看更新。iOS 与 iPadOS 可以使用 Handoff 将文件一键传输，免去了多设备编辑文件的障碍。在移动端，由于更新了应用界面和缓存系统，用户使用起来也将感觉到更顺滑。创建笔记时，未特殊标明时，文件将自己选择第一行作为标题。现在移动端的预览格式常置为开，用户可以双击文件直接打开预览，同时旋转屏幕也可以横向查阅笔记了。